Los recursos faunísticos de la región son muy diversos (212 especies de mamíferos, más de 300 especies de peces en el Orinoco, un millar de especies de aves y 133 de reptiles), aun cuando sus poblaciones, en general, son limitadas. Esta fauna se convierte en recurso cuando se considera su explotación potencial. Sin embargo, tal actividad requerirá de estrictos controles, a fin de evitar la extinción de determinadas especies.

Para la población indígena de la región, la caza y la pesca son actividades tradicionales, practicadas por sus ancestros desde los primeros días en que ocuparon estos territorios. Pero la importancia comercial que han adquirido ciertas especies para la sociedad industrializada ha generado últimamente su explotación irracional. Entre los animales en peligro de extinción se hallan la gran nutria, o perro de agua gigante (Pteronura brasiliensis), y la nutria común o perro de agua (Lutra longicaudis), perseguidos por la calidad de su piel. La diferencia entre ambas especies se observa en la membrana interdigital y en la cola: en la nutria gigante, la membrana llega hasta las uñas y la cola es achatada; mientras la membrana del perro de agua común alcanza a la mitad de los dedos, y su cola es redondeada. El hábitat de ambas es el Delta Amacuro y las cuencas altas de algunos afluentes del Orinoco.

El manatí de río (Trichechus manatus) es otra especie en peligro de extinción. Su hábitat original fue el delta del Orinoco, pero hoy se lo halla aguas arriba, hasta la cercanía de Puerto Ayacucho, y en algunos afluentes importantes. Los manatíes son animales tímidos y absolutamente inofensivos, aunque a veces causan temor por las dimensiones de su cuerpo, que puede alcanzar cinco metros y pesar más de 500 kilogramos. La legislación venezolana prohíbe su captura y la afectación de su hábitat, pero en el delta y en otras zonas se lo continúa cazando para consumo humano y para aprovechamiento de su grasa y su piel, con la que se confeccionan objetos de cuero rústico.

Asimismo, una gran diversidad de felinos ha sido explotado irracionalmente para la obtención de sus pieles. Entre ellos destacan el jaguar.

El cuspón o cachicamo gigante (Priodontes maximus) es un enorme armadillo que puede llegar a pesar más de 60 kilos y medir un metro de largo más 50 cm de cola. La destrucción progresiva de los bosques se considera la causa principal que amenaza su extinción.

La danta o tapir (Tapirus terrestris) es otra especie sometida a una cacería irracional, por lo preciado de su carne. Puede alcanzar dos metros de longitud, y llega a pesar hasta 250 Kg.

El caimán del Orinoco (Crocodylus intermedius), el reptil de mayor tamaño en el país (llega a medir 4,5 metros de longitud), y la tortuga arrau del Orinoco (Podocnemis expansa), el quelonio más grande de la región, que puede pesar hasta 40 Kg, están expuestos igualmente a la extinción; el primero por el aprovechamiento de su piel, y la segunda por lo exquisito de su carne y sus huevos.

Los recursos pesqueros son aprovechados tradicionalmente como complemento de la alimentación del agricultor y del ganadero, pero hoy en día su demanda se ha ampliado y gran parte de la producción se destina a los centros de mercado más importantes del país. Entre las especies de consumo humano se registran la cachama (Colossoma macropomum), que puede llegar a medir un metro de longitud y pesar 18 Kg; el morocoto (Piaractus brachypomus m), muy abundante en el delta del Orinoco; la palometa (Mylossoma duriventris); el pavón (Cichla spp.); y los bagres rayados (Pseudoplatystoma fasciatum y Pseudoplatystoma tigrinum). Se los halla mayormente en el Orinoco y en ciertas lagunas de inundación, o rebalseras. Actualmente se han realizado experiencias de cultivo de peces en la Región, obteniéndose excelentes resultados. Los pavones (Cichla spp.) se han criado -aun cuando accidentalmente: se piensa que en la última ampliación de la represa se inundaron algunas fincas que tenían pequeñas lagunas con pavones-en el Guri, con óptimos beneficios.

Finalmente, la Región es rica en peces ornamentales, sometidos hoy a intensa -y no siempre legal- explotación, especialmente en el Territorio Federal Amazonas, mayormente pertenecientes a la familia Characidae (carácidos).

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